テンプレート階層

テンプレート階層というのは、テンプレートの適用される優先度みたいなものです。
ページの種類によって決まっています。

カテゴリーページのテンプレートであれば、

1. category-slug.php — 特定のカテゴリー用テンプレート
2. category-ID.php — 特定のカテゴリー用テンプレート
3. category.php — カテゴリーの汎用テンプレート
4. archive.php — 汎用アーカイブテンプレート（タグ・日別アーカイブなどと共用）
5. index.php

の順番でテンプレート階層が適用されると言うことです。

月間アーカイブや年間アーカイブなどの日付でのアーカイブは

1. date.php
2. archive.php
3. index.php

で読み込まれます。

トップページならば、

1. home.php
2. index.php

の順です。

また、ページなら

1. customTemplate.php — ページの属性欄で指定できる、カスタムテンプレート
2. page-slug.php — 特定のページ用テンプレート
3. page-ID.php — 特定のページ用テンプレート
4. page.php — ページの汎用テンプレート
5. index.php

です。

ですから、ブログのようなデザインがほとんど変わらないサイトの時は、index.phpだけとかでも作成可能なわけです。

デザインをかなりがっつり変えたい場合、customTemplate.phpや、category-id.phpなどで分けていき、index.phpはかなりシンプルに、汎用性を持たせてやると、柔軟なテーマが作成できます。

細かい話はCodexのテンプレート階層を見てもらえばさらに詳しく書いてありますので、そちらを参照して下さい。