Roots さんが作っている Sage という WordPress のスターターテーマがありまして。WordPressのテンプレートに、Webpack や Laravel Blade とか様々な便利ツールを突っ込んだ、大変意欲的なプロジェクトです。
このテーマの中に resources というディレクトリが有り、その中にWordPressのテーマの style.css やら functions.php やらが居るんですよね。
これどうなってるんだろー、って思っていろいろ調べたところ、どうやら WordPress のテーマは themes 直下だけでなく、その一段したのディレクトリにある場合でも検出されるようです。
つまり、themes/my-theme だけでなく、themes/hoge/my-themeに配置されたテーマも認識されるようです。
内部的にはこんな感じらしいです。
gulp や Webpack でいろいろゴリゴリやってる場合などは覚えておくと便利かもしれないですねー。