さくらのレンタルサーバーでは、デフォルトでは、indexesが有効になっています。
しかし、htaccessにoptionsが記述できません。
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Options -Indexes
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なんて記述をすると、500 Internal Server Errorになってしまいます。
それを回避しつつ、ディレクトリの中身を見せないようにするには、
さくらのレンタルサーバ非公式FAQによると、
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DirectoryIndex index.html .ht
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としてやると良いらしいです。index.phpも欲しい時は、
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DirectoryIndex index.php index.html .ht
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とします。DirectoryIndexは左に書いてあるものを順番に探して、見つかったものを表示しますので、
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DirectoryIndex index.php index.shtml index.cgi index.pl index.html .ht
[/plain]
としてやれば問題ないようです。